Đạo quân thắng trận ở Qui Nhơn về đến Phú Xuân, Duyệt và Chất cùng vào ra mắt vua Gia Long. Ngài nói chuyện yên ủi rất lâu, rồi ban cho mỗi người một bộ áo mũ.
Luôn dịp đó, vua Gia Long phong Chất làm Khâm sai Chưởng Hậu quân doanh Bình Tây tướng quân, Duyệt làm Khâm sai Chưởng Tả quân doanh Bình Tây đại tướng quân và sai hai tướng cùng Khâm sai Chưởng Trung quân doanh Bình Tây đại tướng quân Nguyễn Văn Trương kéo quân đánh mặt Bắc. Trương coi thủy quân, Duyệt và Chất đều coi bộ quân, Chất cầm đạo quân tiên phong, thuộc quyền điều khiển của Duyệt, Duyệt thì cầm đạo hậu quân. Cả ba đạo quân đồng thời đi trước, vua Gia Long sẽ đem mười đội Túc vệ đi sau.
Trong khi vào triều từ biệt, vua Gia Long dặn Duyệt như vầy:
– Quân đi phải cho có luật. Đến đâu cũng nên nghiêm cấm sỹ tốt, không được cướp bóc. Kẻ nào trái lệnh, cho phép trước chém sau tâu, để nghiêm lệnh quân”.
Mười bẩy tháng năm, Duyệt và Chất dẫn quân lên đường, đến ngày 27 tháng ấy, đại quân thẳng đến Hoành Sơn, phá luôn mấy đồn quân Tây, bắt được Đô đốc Lục.
Hôm sau Duyệt đốc quân hạ đồn Hà Trung, hôm sau nữa lại hạ được đồn Đại Nại. Rồi Duyệt tiến quân ra thẳng Nghệ An.
Sau trận kịch chiến ở Dinh Cầu, quân Tây bị thua liểng xiểng, Duyệt thúc Đại binh thẳng đến Dinh Vĩnh, lại đại thắng luôn một trận nữa.
Khi ấy thủy quân của Nguyễn Văn Trương đã vào cửa biển Hội Thông và cũng đánh lên Nghệ An.
Trong một lúc hai mặt thủy, bộ cùng bị đánh, Đổng lý Nguyễn Văn Thận liệu chừng không thể địch nổi, phải đem quân chạy ra Tiên Lý. Giữa lúc ấy thì tin báo Thái phó Diệu và Tư đồ Dũng đã dẫn quân đến miền thượng lưu sông Roi, đương muốn luồn rừng ra Bắc.
Tức thì Duyệt một mặt hạ lệnh quân sỹ gấp đường đuổi Đổng lý Thận, một mặt sai Thống chế Võ Doãn Văn và Chánh thống Lê Đức Định đem quân lên mặt thượng đạo Nghệ An đón đánh toán quân Diệu Dũng.
Từ khi bỏ thành Qui Nhơn chạy đi, Thiếu phó Diệu và Tư đồ Dũng phải đốc tướng sỹ trèo đèo lội suối, luồn lội đường rừng, định vòng ra Bắc. Rủi cho hai tay anh hùng mạt lộ, trong khi đi ở trong rừng, dân mọi luôn luôn kéo ra ngăn cản. Mỗi lần phải sai quân ra sức mà đánh, mới đi qua được. Liền mấy tháng trời như thế, lương thực ngày một cạn, quân sỹ ngày một mòn. Khi tới thượng lưu sông Roi toán quân hùng dũng vô địch hồi xưa, đã thành toán quân ốm dở.
Võ Doãn Văn và Lê Đức Định đem quân đến trại Qui Hợp thì đám quân ốm dở ấy cũng vượt tới đó. Lúc ấy tướng sỹ bên Tây đều không đủ sức chống cự. Thiếu phó và bọn Từ Văn Chiêu, Nguyễn Văn Thân, cùng 76 con voi đều bị bắt sống. Chỉ có Tư đồ Dũng trốn thoát, chạy được về huyện Nông Cống.
vua Gia Long ra đến Hà Trung, được tin quân Duyệt bắt được bọn Diệu, Ngài rất mừng, tức khắc sai người phi báo cho Duyệt phải xiềng xích gông cùm mấy tướng mà giữ lại đó, không được tự tiện giết đi – Vì Ngài muốn để chính tay mình chém bọn đó cho hả.
Hai bữa sau, Tư đồ Dũng cũng bị dân làng Ngọ Xá (huyện Nông Cống) là bọn Phạm Ngọc Phác bắt trói nộp vua Gia Long.
Thế là Dũng cũng như Diệu. Cái thân bách chiến, mấy chục năm vùng vẫy biển trời, chỉ vì gặp phải ông chủ con nít mà đến nay đều hóa ra thân tù tội, ngồi trong cũi đợi ngày kẻ thù hành hình.
Trong những ngày mà đạo quân Doãn Văn kéo lên miền Qui Hợp đánh bọn Diệu Dũng, thì đạo của Duyệt đã phá được đồn Tiên Lý, Đô đốc Thận phải chạy ra trấn Thanh Hoa (tức Thanh Hóa).
Mồng năm tháng sáu, Duyệt đốc quân ra đến Thanh Hóa, lại phá được đồn Dương Xá (trấn Lý Chấn Thanh Hoa) bắt được cha con Đô đốc Thận và Nguyễn Quang Bân, em ruột vua Cảnh Thạnh.
Thừa thắng, Duyệt đốc đại quân kéo ra mặt Sơn Nam (tức Nam Định).
Từ ngày Mạc Đăng Dung cướp ngôi vua của nhà Lê, Nguyễn Kim và Trịnh Kiểm đánh được họ Mạc rước Chúa Chổm (Lê Trang Tôn) ở AI Lao về dựng làm vua, dân Bắc đã bắt đầu chịu nạn chinh chiến. Sau đó hơn sáu chục năm, họ Trịnh và họ Mạc luôn luôn đánh ở miền Cao Bằng. Rồi khi họ Nguyễn vào làm chúa ở vùng Thuận Hóa thì họ Trịnh và họ Nguyễn lại luôn luôn đánh nhau ở miền Hoành Sơn. Có khi anh em họ Trịnh cùng đánh lộn nữa.
Đến khi nhà Tây Sơn nổi lên, do Nguyễn Hữu Chỉnh dắt đường ra Bắc, đất Bắc Thành lại được chứa liền mấy trận đại chiến, một trận quân Tây Sơn đánh Trịnh Giai, một trận quân Tây Sơn đánh Nguyễn Hữu Chỉnh, một trận quân Tây Sơn đánh quân nhà Thanh, mỗi trận đều chết kể hàng vạn người trở ra.
Một chặp liền hai trăm năm, dân Bắc luôn luôn sống ở dưới rừng gươm mưa đạn, những cảnh tượng thê thảm trong cuộc binh đao đã làm cho người ta phải kinh khiếp. Trừ ra mấy ông nhà nho hý hoáy vận động cho họ Lê phục quốc, không có ai muốn kéo dài sự rối loạn làm chi. Văn sĩ hồi ấy đã thi nhau làm ra nhiều bài “Chinh phụ ngâm” rất hay, tả hết tình cảnh những người có chồng đi lính, đó cũng là công kích chiến tranh một cách gián tiếp vậy.
Vả lại, từ ngày vua Quang Trung lấy được đất Bắc, đến ngày vua Cảnh Thạnh phải chạy ra Bắc, đầu đuôi mới 14 năm (1788 – 1802). Cuộc cai trị ngắn ngủi đó chưa thể lấn át cái cảm tình của họ Lê đã gieo rắc ở trong lòng dân hơn ba tr8am năm. Người còn nhớ nhà Lê, và còn coi sự thống trị của nhà Tây Sơn là một cuộc chinh phục tạm thời.
Một đằng thì sợ chiến tranh, một đằng thì mong nhà Lê mà không chịu hết lòng với nhà Tây Sơn, cho nên khi vua Gia Long lấy danh nghĩa là bề tôi nhà Lê mà tiến quân ra Bắc, dân Bắc không hề chống cự, không có những đám giúp vua khởi nghĩa như bọn hào kiệt trong Nam đối với họ Nguyễn trong lúc vua Gia Long còn bị ba đào.
Trong trí nghĩ của dân Bắc hồi ấy, cái đất Bắc Thành là của họ Lê họ Trịnh bỏ lại, người nào muốn chiếm thì chiếm, miễn là họ khỏi bị xô vào cuộc binh đao.
Còn nhà Tây Sơn thì thế lực đã xuống như đổ tường, những bực danh tướng bị giết lộn, bị chết trận, bị bắt sống, bị bức chí mà đầu hàng quân địch hết rồi, bộ hạ vua Cảnh Thạnh không còn người nào có thể chống lại với quân Nguyễn nữa.
Bởi những lẽ đó, sau khi Đổng lý Thận đầu hàng Duyệt cứ tự do đốc quân tràn ra Sơn Nam, rồi tiến luôn lên mặt Thăng Long, không ai ngăn cản, không phải đánh một trận nào.
Vua Cảnh Thạnh ở Thăng Long, nghe tin quân Duyệt sắp đến, tức thì Ngài cùng vài ba người em xuống thuyền qua sông cái, chạy tuốt lên sông Thương. Được vài ngày thì bị bắt hết.
Tấn tuồng tranh bá đồ vương của hai họ Nguyễn đến đây là hạ màn.
Duyệt và Chất ở lại Bắc Thành mấy tháng, để cùng các tướng chia đạo đi kén binh lính ở các trấn ngoài ấy! Đến tháng một, hai tướng mới đem đại quân theo vua Gia Long về Phú Xuân.
Hồi này thì Duyệt ở luôn trong thành Phú Xuân.
Sang năm sau (1803), vua Gia Long muốn bắt quân sỹ các đạo xây đắp kinh thành, Duyệt vào can rằng:
– Khi trước ở đất Gia Định khởi quân ra đánh Qui Nhơn, đã có hẹn rằng: Chừng nào lấy được kinh thành, lập tức thả cho về quê nghỉ ngơi. Nay kinh thành đã lấy lại rồi, Hà Bắc cũng dẹp yên rồi. Vậy mà quân sỹ Gia Định, kẻ thì phải đi đóng thú ở các trấn, đứa thì phải ở lại đây mà đắp kinh thành, rồi luôn năm nầy qua năm khác chưa biết bao giờ được nghỉ. Đành rằng quyền trên bắt sao chúng phải theo như vậy, nhưng trước đã hẹn thế mà nay không được thế, thì tín lệnh trào đình còn ra sao? Lòng người Gia Định sẽ như thế nào?
Vua Gia Long cũng biết lời Duyệt là phải, nhưng ngài đã nhất định phải đắp kinh thành, nên mới nói khéo như vầy:
– Tướng sỹ khó nhọc đã lâu ta vẫn nghĩ tới. Nhưng mà kinh thành là nơi căn bổn trọng yếu, phải vất vả một lần mà xây đắp cho được kiên cố, thì sau này mới được thư thả lâu dài.
Duyệt vẫn khăng khăng cố can vua Gia Long hiểu dụ đến hai ba lần mới thôi.