Những kinh rạch bị lấp từ khi Pháp mới đến xâm chiếm Sài Gòn là kinh Chợ Vải, rạch Cầu Sấu, rạch Cầu Ông Lãnh, rạch Cầu Kho. Kinh Chợ Vải chảy từ sông Bến Nghé (nay gọi là sông Sài Gòn) vào hào nước quanh thành Gia Định xây năm 1790, bị lấp đi làm đại lộ, nay là đường Nguyễn Huệ. Xưa kia có chợ bán vải ở đầu kinh nên gọi là kinh Chợ Vải. Đường Nguyễn Huệ là tên mới của đại lộ Charner nhưng khi mới lấp dân gian gọi là đường Kinh Lấp. Chợ Vải được thay thế bằng chợ Bến Thành – một chợ lớn chung cho Sài Gòn đương thời – nằm ở tả ngạn kinh Chợ Vải dẫn nước vào hào thành, trên địa điểm Ngân Khố ngày nay. Năm 1914, chợ Bến Thành lớn hơn nhiều được dời tới địa điểm bây giờ xa kinh rạch, song vẫn còn giữ tên Bến Thành. Khu vực có tên chợ Bến Thành xưa thì gọi là khu vực Chợ Cũ.
Rạch Cầu Sấu lấp đi làm thành đường Hàm Nghi nay. Xưa kia gần đầu rạch có hầm nuôi cá sấu để xả thịt bán, nên gọi rạch Cầu Sấu. Từ đầu rạch Cầu Sấu sang kinh Chợ Vải có một rạch nhỏ thông thủy. Đại tá công binh Coffyn mở rộng rạch này để lấy đất làm Đồn Đất. Sau khi phá bỏ thành Gia Định cũng gọi là Thành Phụng nhỏ hơn thành Gia Định nhiều. Nhưng sau khi kinh Coffyn cũng bị lấp làm thành đại lộ Lê Lợi và địq điểm xây Nhà Hát Lớn.
Rạch Cầu Kho là đường thoát nước từ ga Sài Gòn cũ (nay là Công viên 23 tháng 9), qua Cống Quỳnh rồi chảy vào rạch Bến Nghé nơi gần kho Quản Thảo cũ và nay là chợ Cầu Kho (bến Chương Dương). Rạch Cầu Kho bị lấp hết nên mỗi khi mưa lớn đường Lê Lai và quanh đó đều bị úng thủy.
Những kinh rạch còn tồn tại làm đường thoát nước và tưới mát thành phố đáng kể hơn cả là kinh Nhiêu Lộc ở thượng nguồn của rạch Thị Nghè (tên chữ là sông Bình Triệu), chảy vào Thị Nghè là rạch Cầu Bông và rạch Văn Thánh. Rạch Thị Nghè chảy ra sông Sài Gòn.
Từ Sài Gòn sang Chợ Lớn có rạch Bến Nghé kể từ cầu Khánh Hội đến cầu Chữ Y, sau đó là kinh Tàu Hủ chảy vào Rạch Cát. Rạch Bàu Cát tiếp nối là rạch Ông Buông rồi rạch Lò Gốm chảy vào ngã ba sông Tàu Hủ và Rạch Cát. Chảy vào kinh Tàu Hủ còn có rạch Ông Lớn và rạch Ông Nhỏ (thường ghi nhầm là Ông).