sau khi làm chủ đất Sài Gòn – Gia Định, Nguyễn Ánh bắt tay vào công cuộc củng cố và xây dựng Sài Gòn làm nơi đứng chân vững chắc. Nguyễn Ánh không chỉ biến Sài Gòn thành một trung tâm kinh tế, hành chính của miền Nam mà còn là hậu cứ chắc chắn cho công cuộc tiến công ra phía Bắc đối chọi với Quan Trung. Năm 1790, Nguyễn Ánh cho lập Gia Định kinh tức xây dựng Sài Gòn thành kinh đô của vùng đất phía Nam do Nguyễn Ánh quản lý.
Để tổ chức công cuộc cai trị phía Nam và Sài Gòn, từ sau năm 1788, Nguyễn Ánh đã tiến hành khá nhiều công việc về hành chính, kinh tế, quân sự, văn hóa. Ngay năm 1788, khi tiến quân vào Sài Gòn, Nguyễn Ánh đã nhanh chóng ban hành những luật lệ mới thay thế các luật lệ của Tây Sơn trước đây, xác lập tình hình an ninh trật tự trong thành phố. Nguyễn Ánh cho lập sổ sách về hộ khẩu, điền địa, thuế khóa để kiểm soát các hoạt động xã hội, kinh tế. Chính quyền họ Nguyễn ở Sài Gòn bỏ việc truy thu các thứ thuế trong những năm trước, chỉ thu thuế bắt đầu từ năm 1789 trở đi. Đối với các thuyền buôn nước ngoài đến Sài Gòn khá đông đúc, là nguồn lợi lớn, chính quyền Nguyễn Ánh độc quyền kiểm soát và thu thuế. Đối với các hàng hóa có tính chiến lược và quân sự như gạo, gang, sắt, thuốc súng, … phải do nhà nước quản lý, thu mua. Nguyễn Ánh còn đặt mua nhiều chủng loại vũ khí của phương Tây như đại bác, hàng ngàn súng tay, thuốc đạn, … để trang bị và hiện đại hóa quân đội, chuẩn bị tấn công Quang Trung ở phía Bắc. Sách Gia Định thành thông chí của Trịnh Hoài Đức đã chép về sự độc quyền mua bán của Nguyễn Ánh đối với các hàng hóa quân sự: “Phàm hàng hóa trong thuyền mà quan hệ đến việc binh như kẽm, sắt, đồ đồng, diêm, lưu huỳnh, các thứ đồ ấy phải nạp cho nhà nước, nhà nước trả tiền, đem bán riêng thì có tội’.
Đối với sản xuất nông nghiệp thuộc khu vực ngoại thành Sài Gòn, Nguyễn Ánh đặt quan điền trấn, đi các địa phương xem xét, đôn đốc và giúp đỡ nông dân làm ruộng. Nhà Nguyễn cũng cho đặt một số sở đồn điền ở các vùng phụ cận Sài Gòn chăm lo việc tập hợp dân chúng để khai hoang và canh tác lúa gạo.
Nguyễn Ánh cũng chú trọng đến việc xuất khẩu lúa gạo ở miền Nam qua cảng Sài Gòn. Đây là nguồn thu quan trọng của chính quyền đương thời. Nhờ vào nguồn thu lúa gạo, chính quyền Nguyễn Ánh đã có điều kiện củng cố quân đội, bộ máy hành chính và mua vũ khí của nước ngoài. Năm 1789, Vương quốc Xiêm La bị hạn hán, thiếu thốn lương thực phải cho thuyền buôn sang Sài Gòn mua 8.000 phương gạo.