Quân lệnh của triều đình đã ban xuống rằng nhân dân khi gặp giặc đến phải quyết chiến đến cùng, hoặc liệu thế không chống nổi thì cho phép lẩn trốn vào rừng núi chứ nhất định không hàng giặc. Mệnh lệnh đó được nhân dân các thôn làng tuân theo triệt để.
Quân Mông Cổ ở Thăng Long
Ngột Lương Hợp Thai dẫn quân xâm lược Đại Việt với một tốc độ nhanh thường thấy của quân Mông Cổ. Chỉ trong vòng chưa đầy 3 tuần kể từ khi vượt biên giới, quân Mông Cổ đã vào đến Thăng Long. Thế nhưng với kế sách “vườn không nhà trống” mà quân dân Đại Việt bày ra, việc nhanh chóng chiếm giữ kinh đô của quân Mông Cổ trở nên không mấy ý nghĩa.
Chưa kịp đắc thắng khi tiến vào Thăng Long, quân tướng Mông Cổ nhận ra rằng chúng đang ở trong một thành thị hoang vắng, chỉ còn lác đác một vài người dân không kịp di tản. Quân Mông lập tức lục soát khắp thành. Những gì chúng tìm thấy chỉ là ba tên sứ giả đang bị trói chặt bằng dây thừng tre, thoi thóp trong đại lao. Khi cởi trói thì một tên sứ giả đã chết do đói khát. Khắp thành Thăng Long các kho lương thực của triều đình cùng với lương ăn trong nhà dân đa phần đã được đem đi hoặc cất giấu. Quân Mông Cổ không tìm được quân lương, điều mà chúng hy vọng khi chiếm được thành Thăng Long. Tức giận, Ngột Lương Hợp Thai thả cho quân lính đập phá khắp thành, lùng giết bất cứ người nào còn sót lại trong thành. Hành động tàn ác này càng làm cho quân dân Đại Việt quyết tâm tử thủ ở bất cứ nơi nào quân giặc tiến đến.
Trong khi Thăng Long di tản, thì các làng xóm lân cận với kinh thành cũng tổ chức chôn giấu lương thực, đào hào đắp lũy để tự bảo vệ mình. Quân lệnh của triều đình đã ban xuống rằng nhân dân khi gặp giặc đến phải quyết chiến đến cùng, hoặc liệu thế không chống nổi thì cho phép lẩn trốn vào rừng núi chứ nhất định không hàng giặc. Mệnh lệnh đó được nhân dân các thôn làng tuân theo triệt để.
Như đã phân tích ở những kỳ trước, biên chế thông thường của một đạo quân Mông Cổ điển hình có ưu thế cốt ở việc gọn nhẹ, không tiêu tốn nhiều nhân lực, vật lực cho hậu cần. Phương châm của quân Mông Cổ là mang theo lương thực vừa đủ dùng trong một thời gian ngắn trên lưng ngựa, rồi chúng sẽ cướp bóc trong lãnh thổ đối phương để nuôi quân. Đó là sách lược lấy chiến tranh nuôi chiến tranh. Tuy nhiên lần tấn công Đại Việt, yếu điểm chết người của quân Mông đã lộ ra. Ở trong thành Thăng Long hoang vắng, nguy cơ thiếu lương thực đối với quân Mông tính bằng ngày, bằng giờ. Tình thế buộc Ngột Lương Hợp Thai phải chia quân thành các toán nhỏ, tỏa ra các làng quanh Thăng Long để cướp bóc. Tuy nhiên giải pháp này lại lợi không bù được hại. Chẳng mấy toán quân đi cướp lương thu về thành quả xứng đáng. Những làng chiến đấu luôn buộc quân Mông Cổ phải trả cái giá đắt về nhân mạng để đổi lấy số lương thực cướp được ít ỏi. Thế nhưng có khi quân Mông Cổ vào chiếm được làng lại chẳng tìm được gì để ăn. Thậm chí có những làng được dân binh dựng lũy kiên cố, đẽo tre làm chông như những con nhím khiến quân Mông Cổ không thể xuyên thủng nổi.
Sử cũ ghi nhận cuộc chiến đấu của nhân dân làng Cổ Sở (ngoại thành phía tây Hà Nội ngày nay) như một minh chứng điển hình của cuộc chiến tranh nhân dân quanh Thăng Long. Dân chúng của làng đã giăng bẫy, đào hào, cắm chông, dựng chiến lũy bằng tre để ngăn kỵ binh giặc. Kỵ binh Mông Cổ khi tấn công vào làng thì ngựa bị mắc bẫy khụy chân không đi được, binh lính Mông Cổ liều mạng xông vào thì giẫm phải chông tre và bị trúng tên từ trong làng bắn ra. Thừa thế, dân binh trong làng xông ra chém giết, chặt lấy đầu giặc để uy hiếp tinh thần. Cuối cùng toán quân cướp bóc đành phải rút chạy bỏ lại xác đồng đội mà chẳng thu hoạch được gì. Những chiến thắng từ các thôn làng nhỏ như thế là nền tảng ban đầu, là sự báo hiệu cho một chiến thắng lớn mang tính toàn cục. Quân Mông Cổ nhanh chóng lâm vào cảnh đói khát, túng quẫn. Ngột Lương Hợp Thai sợ ở trong thành sẽ bị bao vây bất ngờ nên dẫn quân ra khỏi thành, đóng quân ở bến Đông Bộ Đầu. Quân đội và triều đình Đại Việt thì mất tăm, khiến cho viên chủ tướng Mông Cổ có muốn kéo quân đánh một trận sống mái cũng chẳng được. Xung quanh thành Thăng Long là muôn vàn các nhánh sông lớn nhỏ như những chiến lũy tự nhiên ngăn cản quân Mông tung hoành. Quân Mông Cổ lúc này vẫn còn gần 4 vạn người, chỉ biết chôn chân chờ đợi.
Đại quân nhà Trần ở Thiên Mạc
Trong khi quân Mông Cổ ở Thăng Long dần rơi vào tình thế túng quẫn thì quân Đại Việt ở Thiên Mạc có cơ hội xốc lại tinh thần sau những tổn thất ban đầu. Dưới sự điều động về hậu cần cực tốt, các kho tàng đủ để nuôi một số lượng quân lính tập trung đông đảo trong một thời gian dài. Ấy cũng là nhờ trong lúc thái bình Đại Việt đã liên tục phát triển nông nghiệp. Cái gốc rễ thịnh vượng trong thời bình là nền tảng cho sức mạnh hậu cần trong chiến tranh. Bấy giờ sương binh các lộ, cùng với gia binh của các vương hầu kéo nhau đến Thiên Mạc hội sư đông đến hơn 10 vạn quân. Chiến thuyền Đại Việt đậu tấp nập ở sông Thiên Mạc. Những vũ khí trong dân ngày thường vẫn lưu giữ nhiều, nay được triều đình tổ chức trưng thu để bổ sung cho quân đội. Về mặt vật chất quân dân Đại Việt vẫn có đủ sức mạnh để đánh bại giặc. Tuy vậy, về mặt tinh thần xuất hiện một số hoang mang nhất định trong hàng ngũ. Bởi kể từ khi Ngô vương nối lại quốc thống nước Việt, trải mấy trăm năm chưa có quân giặc nào vào được kinh thành nước ta. Đến nay ta phải lui binh liên tiếp, bỏ ngỏ kinh đô. Điều đó theo lẽ thường bất cứ người nào cũng sẽ sinh hoài nghi về sức mạnh của đất nước.
Một điển hình cho sự sợ hãi thời bấy giờ, tiếc thay lại đến từ một người đứng đầu hàng quan võ – Thái úy Trần Nhật Hiệu. Ông trước là người có uy vọng rất lớn, từng lập nhiều công lao trong chiến trận, lại là người họ hàng gần gũi với vua (chú của Trần Thái Tông, được gọi là Thúc phụ). Trần Nhật Hiệu ngoài tài điều binh, còn có tài cai trị. Trước kia, vua Trần Thái Tông đi đánh Chiêm Thành đã giao ông làm lưu thủ tại kinh thành và ông đã hoàn thành trọn vẹn trọng trách. Bởi vậy bằng nhiều sự tin tưởng, vua Trần đã đích thân đi thuyền nhẹ đi tận chỗ của Trần Nhật Hiệu để hỏi kế sách chống giặc. Trần Nhật Hiệu lúc ấy đang ngồi thẩn thờ trên một chiếc thuyền nhỏ, nghe vua hỏi không nói nên lời, dùng tay chấm nước viết lên mạn thuyền hai chữ “Nhập Tống”. Tức là Nhật Hiệu khuyên vua bỏ nước chạy sang Tống nương nhờ để bảo toàn mạng cho hoàng gia. Đó là kế dở tệ và vô trách nhiệm. Bởi một là chính nước Tống cũng đang lao đao trước sức tấn công của Mông Cổ, hai là vua bỏ nước đi trốn thì muôn dân biết trông cậy vào ai nữa.
Vua lại hỏi quân Tinh Cương ở đâu. Nhật Hiệu bấy giờ đã bỏ ngũ, không điều quân nghiêm chỉnh nên vua mới hỏi vậy. Nhật Hiệu trả lời: “Không gọi được chúng đến”. Vua thấy Thúc phụ mình bày kế nhảm, lại bỏ quân bản bộ không coi giữ,thất vọng bỏ đi. Thuyền ngự lại sang chỗ Thái sư Trần Thủ Độ hỏi kế sách. Trái với sự yếu hèn của vị Thái úy, Thái sư Trần Thủ Độ khẳng khái đáp lời: “Đầu thần chưa rơi xuống đất, xin bệ hạ đừng lo”. Lời nói của vị Thượng phụ Thái sư, người đứng đầu bá quan văn võ khiến cho vua Trần Thái Tông lập tức lấy lại được niềm tin. Chẳng những vua Trần vững tin, mà khí khái của Thái sư Trần Thủ Độ còn truyền cảm hứng đến tất cả ba quân tướng sĩ.
Bấy giờ Trần Thủ Độ được mọi thần dân và quan quân Đại Việt coi là một cây đại thụ với rất nhiều sự tin tưởng. Tài thao lược của ông đã được minh chứng trong nhiều năm để làm nên một vương triều Trần vững mạnh. Bằng uy tín của mình, Trần Thủ Độ đã giúp quân Đại Việt có lại được nhuệ khí, có lại niềm tin vào chiến thắng. Với niềm tin đó, quân dân Đại Việt chuẩn bị bước vào trận chiến sống còn với địch.